iPhone Game「社畜!ナカムラくん」で実践していた方法です。
おおまかな作業の流れは下記のようにしていました。
1. Flashでアニメーションを制作
2. pngシーケンスで書き出す
3. Zwoptex(有料)で一枚のpngに出力
4. CCSpriteに表示


1. Flashでアニメーションを制作
30fpsでアニメーションを作ります
作ったものがこれ


2. pngシーケンスで書き出す
Flashにて「ファイル」→「書き出し」→「ムービーの書き出し」
でフォーマットを「pngシーケンス」にして任意のフォルダへ書き出す。


3. Zwoptex(有料)で一枚のpngに出力
Zwoptexで一枚にしてplistファイルを書き出します。
Zwoptexはcocos2dで使用するSpriteSheetを書き出すツールです。
公式サイトはこちらZwoptex
15ドルでMacAppStoreからも買えます。
・Zwoptexを起動
・「File」→[New]
・pngシーケンスをドロップ
・「Layout」クリック
・「Publish」
で一枚pngとplistファイルが書き出されます。



4. CCSpriteに表示
XcodeのResourceフォルダあたりに一枚pngとplistファイルをドロップします。
そして下記コードからCCSpriteに表示します。
-(NSString*)pzero:(int)a keta:(int)keta{
    NSString *b=[NSString stringWithFormat:@"%d",a];
    while ([b length]=enno; a--) {
            NSString* file=[NSString stringWithFormat:@"%@%@.png",frame,[self pzero:a keta:4]];
            CCSpriteFrameCache* frameCache=[CCSpriteFrameCache sharedSpriteFrameCache];
            CCSpriteFrame* sframe=[frameCache spriteFrameByName:file];
            [frames addObject:sframe];
        }
    }
    return [[[CCAnimation alloc]initWithFrames:frames delay:delay]autorelease];
}
-(void)initAnimeFrames:(NSString*)key animename:(NSString*)animename stno:(int)stno enno:(int)enno delay:(float)delay{
    CCAnimation* ani=[[CCAnimationCache sharedAnimationCache] animationByName:animename];
    if(ani!=nil)return;
    
    CCAnimation* anim = [self animationWithFrame:key stno:stno enno:enno delay:delay];
    [[CCAnimationCache sharedAnimationCache] addAnimation:anim name:animename];
}
-(void)initPlist:(NSString*)plistkey{
    CCSpriteFrameCache* frameCache = [CCSpriteFrameCache sharedSpriteFrameCache];
    NSString *s=[NSString stringWithFormat:@"%@.plist",plistkey];
	[frameCache addSpriteFramesWithFile:s];
}
-(void)initAnime{
    [self initPlist:@"walk"];
    [self initAnimeFrames:@"walk" animename:@"walk" stno:1 enno:33 delay:0.05f];
}
-(id)init{
    self=[super init];
    if (self) {
        [self initAnime];
    }
    return self;
}


-(CCAnimation*)getAnime:(NSString*)key{
    return [[CCAnimationCache sharedAnimationCache] animationByName:key];
}
-(void)setAnime:(CCSprite*)sp animename:(NSString*)animename repeat:(BOOL)repeat{
    NSString* n=animename;
    CCAnimation* anim =[self getAnime:n];
    if(anim==nil){
        return;
    }
    CCAnimate* animate=[CCAnimate actionWithAnimation:anim];
    if (repeat) {
        CCRepeatForever* ccrepeat = [CCRepeatForever actionWithAction:animate];
        [sp runAction:ccrepeat];
        [sp setDisplayFrameWithAnimationName:n index:0];
    }else{
        id act=[CCSequence actions:animate, nil];
        [sp runAction:act];
        [sp setDisplayFrameWithAnimationName:n index:0];
    }
}


CCSpriteに表示するときはこう
CCSprite*sp=[[CCSprite alloc]init];
[anime setAnime:sp animename:@"walk" repeat:YES];
[mynode addChild:sp z:22];


[self initAnimeFrames:@"walk" animename:@"walk" stno:1 enno:33 delay:0.05f];
このコードのdelayの値が1フレームの表示時間なので早くするなら小さい値を
遅くするなら大きい値を入れましょう。

以上cocos2dのアニメーションでした。面倒くさいですね。