某案件でこんな事象があったようなので調べました。
IE6,7でjavascriptのwindow.openでリンクを開くとリファラが取得できないようです。
また、AS3のnavigateToURL、AS2のgetURL、AS2のExternalInterfaceでwindow.open
ではswfファイルの絶対パスがリファラになってしまうようです。
その回避方法をここに記します。

サンプル

//リンクを開くときにこのメソッドを使う
function open_main2(url, target){
	if(document.all){//IEの時
		var body=document.getElementsByTagName("body")[0];
		var atag=document.createElement("a");
		atag.href=url;
		atag.target=target;
		body.appendChild(atag);
		atag.click();
		body.removeChild(atag);
	}else{//IE以外
		window.open(url, target);
	}
}