swfを貼り付けるときにサイズを指定しますが、
そのサイズをダイナミックに変更することに挑戦したら出来ました。
下記コードでFlashからjsをたたけば実行できます。
サンプルページ  サンプルページ2

html
<body bgcolor="#ffffff" onload="init_swfsize()">
<div id='flashcontent'></div>
<script type="text/javascript">
<!--
var installedVer=deconcept.SWFObjectUtil.getPlayerVersion();
var requiredver=9;
var requiredver2=45;
if(installedVer['major'] >=requiredver && installedVer['rev'] >=requiredver2
	|| installedVer['major'] >requiredver){
	var so = new SWFObject("swf/main.swf", "swf0", "100%", "100%", "9.0.45", "#000000");
	so.addParam("allowScriptAccess", "sameDomain");
	so.addParam("base", "swf/");
	so.write("flashcontent");
}else{
	//プラグインバージョンが低いときの処理
}
// -->
Javascript
function init_swfsize(){
	target_content=document.getElementById("flashcontent");
}
function set_swfsize_w(target_size){
	target_content.style.width=target_size;
}
function set_swfsize_h(target_size){
	target_content.style.height=target_size;
}
function set_swfsize(target_w, target_h){
	target_content.style.width=target_w;
	target_content.style.height=target_h;
}
CSS
#flashcontent{
	width:400px;
	height:400px;
}