swfファイルをhtmlへ貼り付けるとき、
wmodeを設定しないと(デフォルト値だと)ブラウザ上で再生速度が遅くなります。
これを解決する方法としてwmodeをopaqueにするとよいですが、
IEで「navigateToURL」を使って新規ウィンドウに
リンクを開くとポップアップブロックにかかります。サンプルページ
そこで「ExternalInterface」を使用すればこの問題を解決することができます。
FlashCS3のヘルプには

ExternalInterface クラスは外部 API であり、ActionScript と Flash Player のコンテナとの間で
直接通信できるようにするアプリケーションプログラミングインターフェイスです。

と書かれています。よくわかりませんが、JavaScriptの関数とか実行できるということみたいです。
これをリンクを開くときに使うには下記のようなasファイルを用意して
ボタンがクリックされたときに「getURLex」にURLを渡して実行してやればよいです。
wmodeには他にも問題がありますがそれはまた次の機会に。

ファイル名 : getURL.as
package {
	import flash.net.navigateToURL;
	import flash.net.URLRequest;
	public function getURL(url, window="_blank"){
		navigateToURL(new URLRequest(url), window);
	}
}

ファイル名 : getURLex.as
package{
import flash.external.ExternalInterface;
public function getURLex(url, window="_blank"){
	if(ExternalInterface.available){
	var str="";
	try{
		str=ExternalInterface.call("function(){return navigator.userAgent;}").toString();
	}catch(e){
		str="failed";
	}
	if(str=="failed" || str.indexOf("Safari")>-1 || str.indexOf("Opera")>-1){
		getURL(url);
	}else{
		try{
			ExternalInterface.call("function(){window.open('"+url+"', '"+window+"'); void(0);}");
		}catch(e){
			getURL(url);
		}
	}
	}else{
		getURL(url);
	}
}
}